Dalam rangka perbaikan kualitas sekolah sehingga menjadi sekolah bermutu maka diperlukan kepala sekolah yang profesional. Untuk mendapatkan kepala sekolah profesional maka diadakan penilaian Kinerja Kepala Sekolah (PKKS) setiap tahunnya. Penilaian kinerja kepala sekolah (PKKS) bertujuan untuk memperoleh data tentang pelaksanaan tugas pokok, fungsi dan tanggung jawab kepala sekolah dalam melaksanakan fungsi-fungsi manajerial dan supervisi/pengawasan pada sekolah yang dipimpinnya.
Pelaksanaan PKKS SMK Muhammadiyah 3 Sukolilo dilaksanakan pada tanggal 25 November 2020. Ada enam komponen yang dinilai yakni kepribadian dan sosial, kepemimpinan pembelajaran, pengembangan sekolah, manajemen sumber daya, kewirausahaan dan supervisi pembelajaran. Penilaian dilakukan oleh bapak Suharto, S.T., M.Pd. selaku Pengawas Pembina SMK Muhammadiyah 3 Sukolilo.
PKKS berjalan lancar dan mendapat hasil baik. Beberapa komponen mendapatkan nilai amat baik. SMK Muhammadiyah 3 Sukolilo terus berupaya memperbaiki kualitas diri menjadi sekolah yang unggul, semakin banyak mencetak generasi yang cerdas akalnya juga baik budinya, kaya ilmu, siap bersaing di era dunia kerja dan dapat menjadi tauladan bagi sesamanya, baik di masa kini juga masa yang akan datang.